O. Adam FOŁTYNOWICZ (1644-1645), pierwszy administrator kościoła, profes klasztoru oliwskiego Zakonu Cystersów. Wyposażył kościół w szaty i sprzęt liturgiczny.
O. Stanisław ŻERNECKI (1645-1646), z Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych z konwentu chełmińskiego.
O. Jan SIEWERT (1646-1647), Z Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych z Chełmna. Świetny kaznodzieja „jaśniejący powagą obyczajów i życia zakonnego”. Wielu parafian powróciło z protestantyzmu na łono Kościoła Katolickiego; to sprawiło, że Jakub Wejher uprosił Biskupa Gniewosza o utworzenie klasztoru dla Ojców Franciszkanów.
O. Gerard NEDASTY (1647-1648), benedyktyn z klasztoru w Monasterze w Eifalii, doktor świętej teologii.
O. Grzegorz GDAŃSKI (1648-1653), franciszkanin z Wejherowa, autor „Kroniki klasztoru OO. Reformatów Świętego Franciszka”.
Ks. Grzegorz BISSERT (1653-1657), proboszcz parafii w Górze Pomorskiej. Pierwszy kanonicznie mianowany proboszcz parafii Trójcy Świętej, wielce zasłużony duszpasterz. Przeniósł siedzibę parafii z Góry Pomorskiej do Wejherowa.
Ks. Konstanty BECKER (1657-1662)
Ks. Jerzy RIEDEL (1662-1664), był jednocześnie proboszczem parafii w Pucku
Ks. Jerzy WAGNER (1664-1672), zyskał przydomek „homo doctus et exemplaris” – mąż uczony i przykładny. Nazywano go także „wiernym sługą”.
Ks. Daniel CURTIUS (1673-1675)
Ks. Jan Kazimierz GRASIŃSKI (1676-1687), kanonik warmiński, protonotariusz apostolski (infułat), osobisty sekretarz księcia Michała Radziwiłła
Ks. Mateusz PRETORIUSZ (1688-1704), był pastorem protestanckim. W klasztorze oliwskim przeszedł na wiarę katolicką i tam otrzymał święcenia kapłańskie. Był najpierw proboszczem w Brodnicy nad Drwęcą, a potem w Wejherowie. Był historykiem, a król Jan III Sobieski mianował go nadwornym historiografem; jest autorem kilku cennych dzieł z zakresu historii.
Ks. Franciszek Walenty RUTHEN (1704-1718, 1724-1726)
Ks. Paweł Piotr LAZAROWICZ (1718-1724, 1726-1733), kanonik finlandzki.
Ks. Kazimierz KASZUBOWSKI (1733-1738)
Ks. Jan RADOSZEWSKI (1738-1742)
Ks. Antoni LANGHANNIK (1742-1766), za jego administracji parafią hrabia Przebendowski buduje nowy kościół z cegły i nową plebanię.
Ks. Gotfryd MAKOWSKI (1766-1768)
Ks. Antoni Franciszek GRĘCA (1768-1788), pełnił funkcję dziekana puckiego.
Ks. Andrzej GRABE (1788-1826), dziekan pucki, kanonik kruszwicki.
Ks. Michał WENZEL (1826-1851), za jego urzędowania władze pruskie przeprowadzają kasację klasztorów, także Ojców Franciszkanów w Wejherowie.
Ks. Józef BRILL (1851-1859), bronił klasztoru Ojców Franciszkanów przed kasatą. Zabiegał o utworzenie gimnazjum. Opracował nowy statut Bractwa Szkaplerza Świętego, które otrzymało swój ołtarz. Jest nowy ołtarz boczny, Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Obraz w nastawie przedstawia Matkę Bożą Szkaplerzną.
Ks. Jan Albert ROOK (1859-1887), przeprowadził gruntowny remont kościoła i plebanii. Był dziekanem puckim. Kupił dom przy ul. Św. Jacka i przekazał go Siostrom Miłosierdzia Św. Wincentego a Paolo. Dom ten rozbudował i w ten sposób powstał szpital, którym zarządzały siostry szarytki. Był współbudowniczym tzw. Nowego klasztoru (dzisiejszy konwikt Świętego Leona Wielkiego), w którym schronienie znaleźli ojcowie franciszkanie.
Ks. Walenty DĄBROWSKI (1887-1924), od 1895 roku dziekan wejherowski (dekanat Wejherowo utworzono 3 stycznia 1895 roku), kanonik honorowy Kapituły Chełmińskiej, delegat biskupi, szambelan papieski (prałat); w 1922 roku odznaczony Orderem Polonia Restituta, krzyżem Pro Ecclesia et Pontifice. Honorowy obywatel miasta Wejherowa. W 1908 roku wybudował nową plebanię (istnieje do dzisiaj). W 1888 roku sprowadził z Berlina – Charlottenburga witraże dla kościoła. Był wspaniałym kaznodzieją, szczodrym i dobrotliwym dla ubogich i potrzebujących. Był bardzo lubianym i szanowanym w całej okolicy kapłanem, zwanym Królem Kaszubów, niestrudzonym i odważnym obrońcą języka polskiego. Szczególną troską otaczał Kalwarię Wejherowską będąc jej kustoszem. Zmarł 15 lutego 1931 roku i został pochowany na cmentarzu przy ul. 3 Maja w Wejherowie.
Ks. Edmund ROSZCZYNIALSKI (1924-1939), dziekan i proboszcz w Wejherowie, prałat Jego Świętobliwości; gorliwy pasterz zatroskany o rozwój kultury swego regionu, działacz charytatywny; aresztowany w listopadzie 1939 r.; służył więźniom jako kapłan, za co został rozstrzelany w nocy z 11 na 12 grudnia 1939 r. w Cewicach k. Lęborka.
Ks. Emil NABAKOWSKI (1939-1940), pełnił misję proboszcza od momentu aresztowania ks. Roszczynialskiego do dnia nominacji nowego proboszcza
Ks. Karl KNOP (1940-1945), Niemiec rodem z Sopotu, mianowany przez Biskupa Karla Marię Spletta. Postać bardzo kontrowersyjna. Był komisarzem biskupim, dokonał rozbudowy organów. Uratował przed grabieżą figurę Matki Boskiej Swarzewskiej, którą sprowadził do Wejherowa i przeprowadził jej renowację. Uchronił przed zniszczeniem archiwum parafialne. Zmarł 3 marca 1949 roku na terenie Niemiec.
Ks. Mieczysław SUMIŃSKI (od zakończenia wojny do grudnia 1945), kanonik kapituły kolegiackiej chełmżyńskiej. Od 1946 roku proboszcz parafii w Luzinie i dziekan wejherowski. Zmarł 4 września 1982 roku, został pochowany w Luzinie.
Ks. Nikodem PARTYKA (1946-1947), dziekan wejherowski. Sprowadził dzwon do przydrożnej kapliczki Matki Boskiej w Śmiechowie oraz 2 duże dzwony dla fary z firmy K. Schwabe w Białej Podlaskiej. Otrzymał godność radcy duchownego. Zmarł 18 czerwca 1985 roku w Zamartem (woj. kujawsko-pomorskie) i tam został pochowany.
Ks. Edmund FLEMMING (1947-1948), reaktywował Bractwo Straży Honorowej, Stowarzyszenie Żywego Różańca. Dla obu tych organizacji sprawił nowe sztandary. Zmarł w Pucku 28 grudnia 1977 roku i tam został pochowany na cmentarzu parafialnym.
Ks. Alojzy KAŁDUŃSKI (1949-1977), więzień obozów koncentracyjnych. Duszpasterz wielkiego formatu, niezwykłej pobożności i pokory. Wielki talent muzyczny. Remont organów, nagłośnienie kościoła, kilkakrotne malowanie świątyni. Zainstalowano w kościele i na plebanii centralne ogrzewanie. Urządził kaplicę ku czci św. Antoniego (w dawnej zakrystii starego kościoła). Miał swój udział w sprowadzeniu do Wejherowa Sióstr Albertynek. W czasie jego administrowania utworzone zostały dwie nowe parafie: Św. Leona Wielkiego (1960) i Św. Anny (1973). Naprawił attykę kościoła od strony rynku (groziła zawaleniem). Było to wielkie i niebezpieczne przedsięwzięcie. Wiele uwagi i troski poświęcił naprawie dachu na kościele i plebanii. Dokonał gruntownej renowacji całej plebanii. Dziełem księdza Kałduńskiego jest nowy cmentarz w Śmiechowie przy ul. Ks. Edmunda Roszczynialskiego o powierzchni 4,53 ha. Pierwszy pogrzeb na tym cmentarzu odbył się 5 sierpnia 1957 roku. Ten wielki mąż Boży i mąż modlitwy zmarł w szpitalu przy ul. Św. Jacka 17 lipca 1977 roku. Pochowany został na cmentarzu w Śmiechowie.
Ks. Bogusław ŻURAWSKI (1977-2004), dziekan dekanatu wejherowskiego, prepozyt Kapituły Kolegiackiej Wejherowskiej od 1995 roku. Za jego administrowania wybudowano nowe salki katechetyczne, odrestaurowano wszystkie witraże w kościele, dwukrotnie malowano cały kościół, wzmocniono stropy, przeprowadzono kapitalny remont dachu na kościele i plebanii, wzmocniono i wyremontowano wierzę kościelną, wytynkowano kościół (z wyjątkiem attyki), dostosowano prezbiterium do nowych przepisów liturgicznych i rozbudowano organy. Z inicjatywy proboszcza została wybudowana okazała kaplica na cmentarzu w Śmiechowie pod wezwaniem Chrystusa Pana Zmartwychwstałego, którą 28 października 1984 roku uroczyście poświęcił biskup chełmiński Marian Przykucki. Arcybiskup Tadeusz Gocłowski 14 września 1995 roku erygował Kapitułę Kolegiacką Wejherowską, której pierwszym prepozytem został ks. Prałat Bogusław Żurawski. Dnia 9 lipca 2001 r. otrzymał papieską godność Kapelana Jego Świątobliwości. Ks. Żurawski bardzo dbał o religijny wymiar uroczystości cywilnych o charakterze narodowo-patriotycznym zarówno w samym Wejherowie, jak również w Sanktuarium Piaśnickim, przyczyniając się jako przewodniczący Komitetu Piaśnickiego do utworzenia sanktuarium w Piaśnicy, do ustalenia grobów, weryfikacji ofiar i ich spisania oraz aktywnie uczestniczył w corocznych uroczystościach kościelno-patriotycznych w piaśnickim lesie. Zmarł we śnie 11 grudnia 2004 roku, a pochowany został w rodzinnym grobie na cmentarzu w Grudziądzu. Wdzięczni parafianie pamiętający o swoim duszpasterzu postawili obok kolegiaty obelisk upamiętniający wieloletniego duszpasterza.
Ks. Tadeusz RESZKA (2004-…)