W wyniku reformacji nastąpiło osłabienie ducha ludności katolickiej w dekanacie puckim i przechodzenie na wyznanie protestanckie. Ze słabości katolicyzmu w rodzinnych stronach zdawał sobie sprawę Jakub Wejher, który w obliczu grożącej mu śmierci pod zwałami gruzu pod białoruską twierdzą Biała w 1634 r. ślubował wybudowanie kościoła pod wezwaniem Świętej Trójcy. W 1643 roku na terenie swojej wsi Śmiechowo utworzył nową osadę ( kolonię) o nazwie Weiherfrey lub Wejherowska Wola, która 1650 roku przywilejem królewskim Jana Kazimierza podniesiona została do godności miasta przyjmując nazwę Wejheropolis – Wejherowo. Jakub Wejher wybrał miejsce pod budowę kościoła i w czerwcu 1643 r. wzniesiono – prawdopodobnie w miejscu dawnego cmentarzyska – świątynię pod wezwaniem Świętej Trójcy i św. Franciszka. Nowy kościół zbudowany z cegły i drewna ( tzw. pruski mur), w dniu 3 października 1644 roku poświęcił opat oliwski cysters Aleksander Kęsowski, a następnego dnia odprawił w nim pierwszą mszę świętą. W związku z przedłużającą się budową kościoła klasztornego wejherowscy franciszkanie do 1651 roku, czyli przez 5 lat, musieli odprawiać msze święte i nabożeństwa w kościele św. Trójcy.
W XVIII w. nastąpił terytorialny rozwój parafii wejherowskiej. W listopadzie 1713 r. na podstawie ugody między patronami luterańskiego zboru w Bolszewie a biskupem kujawsko-pomorskim K. F. Szaniawskim luteranie uznali zwierzchność katolickich proboszczów w Górze Pomorskiej (faktycznie w Wejherowie) i Luzinie. Kościół parafialny przejął też niemal całkowicie inicjatywę pozyskiwania nowych wyznawców. Wzrosła również ranga proboszczów wejherowskich, którzy coraz częściej pełnili jednocześnie obowiązki dziekanów puckich. W czasie patronatu członków rodu Przebendowskich zwiększono też rolę proboszczowską – najpierw o 4 morgi ziemi, a później ok. 1772 r. o dalsze 6 mórg ziemi ornej. W tym czasie zbudowano nową plebanię, a proboszcz posiadał już stałego wikarego. Natomiast reformaci wejherowscy, zwłaszcza po zakończeniu wojny północnej, ze wzmożoną energią opiekowali się pielgrzymami udającymi się na tutejszą Kalwarię.
W 1851 r. proboszczem parafii Świętej Trójcy w Wejherowie został Józef Brill. Starał się on wszelkimi sposobami o utrzymanie zakonu reformatów. Był zwolennikiem powołania gimnazjum, lecz nie w murach klasztornych. W czasie jego pasterzowania powstał w Wejherowie komitet zachowania klasztoru. Proboszcz J. Rook położył duże zasługi przy fundacji Zakładu Sióstr Miłosierdzia. Pełnił funkcję dziekana (1886-1887) i inspektora szkół ludowych. Należał do Towarzystwa Pomocy Naukowej. Przeprowadził remont wielu kaplic, namalowane zostały nowe obrazy i wzbogacił wystrój kościoła Ukrzyżowania. Przyczynił się do odnowienia fary, rozbudowy szpitala im. NMP, wybudowania organistówki w Wejherowie i postawienia nowej wieży na kościele.
Kolejny proboszcz wejherowski ks. Walenty Dąbrowski duszpasterzował w parafii Świętej Trójcy w latach 1887-1924. Pełnił funkcję lokalnego inspektora szkół ludowych. Czynił wiele starań nad uświetnieniem obchodów kalwaryjskich, zapraszając znanych kaznodziejów odpustowych. Gorliwością i pracą charytatywną oraz swoistym humorem zdobył sobie popularność na Kaszubach. Wybudował nową plebanię, a dla kościoła ufundował nowe witraże wykonane w Charlottenburgu. Przez 38 lat witał i żegnał osobiście kompanie pielgrzymów. Jego zasługi miasto uczciło nadaniem tytułu honorowego obywatelstwa, a Rzeczypospolita przyznała mu Order Polonia Restituta. Zmarł w 1931 r. i został pochowany na wejherowskim cmentarzu, obok swoich najbliższych.
Nowym proboszczem został ks. Edmund Roszczynialski, już wcześniej wielorako związany z Wejherowem. Wszędzie prowadził ożywioną działalność, również na poprzednich placówkach. Tak więc w jego osobie Wejherowo pozyskiwało proboszcza, który dał się poznać jako zdolny organizator i działacz polskich stowarzyszeń społecznych i narodowych. W pierwszym okresie proboszczowania ks. Roszczynialski dużo uwagi poświęcił porządkowaniu finansów parafii i przeprowadzaniu najpilniejszych remontów. Z braku środków zrezygnowano z budowy nowego kościoła i postanowiono rozbudować istniejący co nastąpiło w latach 1926-1928. Z kilku projektów wejherowskich budowniczych wybrano propozycję ówczesnego architekta miejskiego Stanisława Świątkiewicza, który objął też techniczno-inwestorski nadzór nad budową. Prace budowlane zlecano w większości polskim firmom z terenu powiatu, jedynie bardziej specjalistyczne roboty wykonały przedsiębiorstwa z Poznania, Krakowa i sąsiednich Niemiec. Kaplicę św. Antoniego wymalowała duńska malarka, Inger Berchsenius. Wykonano również nowe witraże. Rozbudowany kościół konsekrował w 1928 r. bp Wojciech Okoniewski. W uroczystości uczestniczył także ewangelicki patron kościoła, hr . Henryk Keyserlingk.
Okres świetności wejherowskiej fary przerwał wybuch II wojny światowej. Po zamordowaniu ks. Roszczynialskiego życiem kościoła na terenie Wejherowa kierował najpierw ks. Emil Nabakowski a następnie ks. Carl Knop.
Pierwszym po wojnie polskim administratorem parafii był ks. Mieczysław Sumiński (do grudnia 1945 r.), a po nim obowiązki te przejął ks. Nikodem Partyka, będący jednocześnie dziekanem wejherowskim. Zasługą ks. Partyki było sprowadzenie do Wejherowa dwóch okazałych dzwonów, które we wrześniu 1947 r. poświęcił biskup chełmiński, ks. Kazimierz Kowalski. Po ks. Sumińskim krótko (do 1947r.) zarządzał parafią ks. Edmund Fleming, który kładł szczególny nacisk na wzmocnienie chrześcijańskiego ducha u wiernych naznaczonych okrucieństwem wojny. Dlatego reaktywował w parafii Bractwo Straży Honorowej oraz Bractwo Żywego Różańca, które skupiało ponad 2000 osób.
Probostwo byłego więźnia obozów koncentracyjnych ks. Alojzego Kałduńskiego przypadło na trudne dla Kościoła czasy. Do Wejherowa przybył w grudniu 1949 r. i był pierwszym pełnoprawnym proboszczem od 1950 r. Jego zasługą był remont kościelnych organów, renowacja ołtarzy, nagłośnienie kościoła i zamontowanie ogrzewania.
Od 1977 r. do 2004 r. zarządzał Parafią Trójcy Świętej w Wejherowie ks. Bogusław Żurawski. Od l stycznia 1982 był także dziekanem Dekanatu Wejherowskiego. Przez kilka lat był duszpasterzem akademickim w Wejherowie, a przez długie lata także duszpasterzem wejherowskich rzemieślników i kombatantów. Oddany całą duszą sprawom duszpasterskim parafii i dekanatu, troszczył się także o piękno Wejherowskiej Fary, która 14 września 1995 roku została przez arcybiskupa metropolitę gdańskiego podniesiona do godności Kolegiaty, a ks. prałat Bogusław Żurawski został mianowany pierwszym w historii prepozytem Kapituły Kolegiackiej Wejherowskiej. Dnia 9 lipca 2001 r. otrzymał papieską godność Kapelana Jego Świątobliwości. Ks. prałat Bogusław Żurawski dbał bardzo o religijny wymiar uroczystości cywilnych o charakterze narodowo-patriotycznym zarówno w samym Wejherowie, jak również w Sanktuarium Piaśnickim, przyczyniając się jako przewodniczący Komitetu Piaśnickiego do utworzenia sanktuarium w Piaśnicy, do ustalenia grobów, weryfikacji ofiar i ich spisania oraz aktywnie uczestniczył w corocznych uroczystościach kościelno-patriotycznych w piaśnickim lesie.
Po śmierci ks. Żurawskiego w 2004 r. nowym proboszczem został ks. Tadeusz Reszka, dotychczasowy proboszcz parafii Matki Boskiej Nieustającej Pomocy w Juracie. Jest kontynuatorem dzieła poprzednich proboszczów organizując uroczystości religijne, patriotyczne i kulturalne. Wymiernym efektem obecności ks. prałata T. Reszki we wspólnocie wejherowskiej jest renowacja świątyni farnej, a także zainstalowanie nowego geotermicznego ogrzewania podłogowego. Dzięki temu kościół Trójcy Świętej nabrał nowego blasku. Zmianie uległo także otoczenie kościoła, na terenach dawnego ogrodu parafialnego we współpracy z Urzędem Miasta Wejherowa zbudowano nowy parking dla samochodów. Dokonano również renowacji pomieszczeń domu parafialnego, uporządkowano zbiory biblioteczne i archiwalne, usprawniono działalność administracji parafialnej. Do tych wymiernych, bardzo efektywnych działań ks. prałata należy zaliczyć także postawienie kaplicy św. Krzysztofa w miejscowości Sopieszyno.